Annonce postée par : jb.feret (jb.feret(a)teledetection.fr)
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INRAE et l’UMR TETIS recrutent un(e) stagiaire de niveau M2 :
Suivi des traits chimiques foliaires de la végétation méditerranéenne par spectroscopie
foliaire, imagerie satellite Sentinel-2 et imagerie hyperspectrale aéroportée.
Les milieux terrestres méditerranéens sont caractérisés par une biodiversité importante,
et font partie des hot spots de biodiversité. Ils sont particulièrement vulnérables aux
changements climatiques, associés aux phénomènes de sècheresse, ainsi qu’à la pression
anthropique directe, et subissent l’érosion accélérée de la biodiversité. Afin de répondre
aux enjeu de suivi de l’état des milieux méditerranéens et de leur conservation, il est
nécessaire de mettre en place des outils d’observation régulière, afin de mesurer des
indicateurs pertinents du fonctionnement de cette végétation. Ces outils d’observation
s’appuient sur la complémentarité des observations terrain et des données de télédétection
acquises par satellite, avion, ou par des capteurs de mesure sur le terrain.
La disponibilité croissante de données de télédétection combinée à des méthodes innovantes
et des moyens de calcul accrus ouvrent de nouvelles perspectives pour le suivi du
fonctionnement des écosystèmes. Les données des satellites Sentinel-2 du programme
Copernicus permettent l’acquisition d’images multispectrale à résolution spatiale
décamétrique avec une fréquence de revisite de 5 jours. Leur analyse à l’aide de méthodes
appropriées permet d’estimer certaines propriétés biophysiques contribuant à mieux décrire
le fonctionnement de la végétation. L’information spectrale reste cependant limitante pour
l’estimation précise d’un certain nombre de constituants foliaires, tels que la masse
sèche foliaire et ses constituants (lignine, cellulose), et la teneur en eau de la
canopée. L’imagerie hyperspectrale représente un potentiel important pour une
caractérisation plus fine de cette chimie foliaire. Dans le cadre de la préparation de la
miss
ion hyperspectrale CHIME, l’ESA, en collaboration avec la NASA et le JPL, organise une
campagne hyperspectrale aéroportée au printemps 2021, qui permettra de préparer les
futures applications pour le suivi de la végétation.
Le stage a pour objectif de participer à un dispositif de suivi des propriétés de
végétation sur deux site expérimentaux faisant l’objet de dispositifs d’observation
coordonnées par le Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE) de Montpellier, et
de l’associer à un dispositif de suivi s’appuyant sur les données de télédétection
aéroportée et satellite. Cela comprend :
- Des campagnes de terrain mensuelles, comprenant la collecte de feuilles, la mesure de
leurs propriétés optiques par spectroscopie en laboratoire, et la mesure de traits
foliaires comme la teneur en eau et la masse sèche
- La participation à la coordination d’une campagne de terrain en collaboration avec
l’ESA
- L’analyse des propriétés optiques collectées et l’estimation de la chimie foliaire à
l’aide du modèle PROSPECT (
https://jbferet.gitlab.io/prospect/)
- La mise en relation des observations terrain avec les données issues de télédétection
satellite et aéroportée.
Les campagnes de terrain seront réalisées en collaboration étroite avec les scientifiques
écologues du CEFE. Les mesures de laboratoire (spectrométrie et mesure de teneur en eau et
masse sèche foliaire) seront effectuées avec l’UMR TETIS et en collaboration avec l’UMR
ITAP. Enfin, les traitements effectués pour analyser les données de spectroscopie foliaire
et les données d’imagerie seront réalisés à l’aide des outils développés par l’UMR TETIS
et disponibles sous forme de librairies R.
Ce stage sera basé à l’UMR TETIS, en collaboration avec l’ONERA, l’UMR DYNAFOR et le CEFE,
dans le cadre du projet TOSCA CNES SentHyMED ‘"Complémentarité entre de
l'imagerie multi-temporelle Sentinel-2 et des imageurs Hyperspectraux pour un meilleur
suivi des traits fonctionnels de forêts MEDiterranéennes’.
Concrètement, la personne retenue pour ce stage devra démontrer la capacité à :
• Effectuer une analyse et une synthèse bibliographique des méthodes proposées dans la
littérature scientifique pour réaliser le suivi du fonctionnement des milieux de forêts
méditerranéennes
• Participer à des campagnes de collecte de données sur le terrain en milieu forestier
(sur un site expérimental entretenu), travailler en équipe et faire preuve d’une capacité
d’initiative suffisante
• Mettre en place et suivre un protocole expérimental en laboratoire (mesures de
propriétés optiques foliaires, mesure de teneur en eau et matière sèche)
• Prendre en main les librairies d’analyse spectroradiométriques et géospatiales
permettant d’analyser les données de propriétés optiques foliaires et les données
d’imagerie s’appuyant sur les package R prospect et prosail
• Développer des chaines de traitement automatisées et documentées permettant de répondre
aux différents objectifs du stage
• Produire des rapports d’activité synthétiques réguliers
Rémunération : environ 500 €/mois pour un travail effectué à temps plein
Durée souhaitée du stage : 6 mois
Date indicative de début de stage : Avril 2021
Profil recherché :
Master 2 ayant des compétences dans un ou plusieurs domaines suivant :
- Ecologie / Agronomie / Environnement
- Télédétection / traitement du signal et de l’image
- Optique physique & capteurs
Le/la candidat(e) devra pouvoir faire preuve d’autonomie et d’esprit d’initiative. La
bonne maitrise du langage R ou une volonté de se mettre rapidement est nécessaire pour
utiliser les outils d’analyse et de modélisation.
Contact / Encadrement :
Jean-Baptiste Féret (Chargé de recherche), UMR TETIS, INRAE
jb.feret(a)teledetection.fr
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