Annonce postée par : Alvarez Emilien (emilien.alvarez(a)ifremer.fr)
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Encadrement: Emilien Alvarez, Pierre-Olivier Liabot (Laboratoire d’Ecologie Benthique,
Ifremer, Unité DYNECO)
Contexte scientifique: Ce stage s’inscrit dans le cadre du projet SISTER (Surface Imaging
Solution for TEmperate Reefs), collaboration entre l’Ifremer et l’OFB. Ce projet vise à
développer un protocole de cartographie de l’habitat marin à récifs d’hermelles à
destination des gestionnaires du littoral. Ces récifs sont formés par l’accumulation de
tubes construits par le polychète grégaire Sabellaria alveolata et constituent un habitat
remarquable sur les côtes européennes. Leur présence sur l’estran structure un habitat
favorable à de nombreuses fonctions écosystémiques (biodiversité, captation de
sédiments,...). Aujourd’hui, cet habitat marin est considéré comme d’intérêt communautaire
(HIC) par les directives européennes (DHFF et DCSMM) nécessitant d’établir des indicateurs
de surface et d’état de santé de l’écosystème.
Le projet SISTER a pour objectif d’établir de nouveaux protocoles de suivi des récifs
(surface et indicateurs de santé) en se basant sur la technologie des drones. Ce dernier
est un outil flexible et très accessible qui permet de produire des mosaïques d’images
orthorectifiées sur plusieurs hectares. Des modèles d’apprentissage machine spécifiques à
la vision par ordinateur sont utilisées pour l’interprétation automatique de ces
ortho-mosaïques. Les modèles développés permettent d’estimer automatiquement la
distribution spatiale des récifs d’hermelles et de les caractériser à l’échelle d’un site.
À terme, le projet a pour vocation de rendre accessible aux gestionnaires les modèles
développés à travers la mise en place d’une Interface Homme-Machine (IHM).
Objectifs: L’objectif du stage de 2 mois sera de développer une IHM permettant la mise à
disposition des modèles développés soit via un service web (WPS de l’OGC), soit via un
plugin Qgis. Ce dernier est un Système d’Information Géographique libre et open-source
largement utilisé par les acteurs de l’aménagement et de la gestion des territoires. Un
tutoriel d’installation et d’utilisation de l’IHM sera à produire. En fonction des
compétences de l’étudiant(e), il sera possible d’aborder l’optimisation de la chaîne de
traitement basée sur des algorithmes d’apprentissage profond (Convolutional Neural
Networks).
Compétences attendues: Formation en Informatique et/ou Géomatique, programmation avec le
langage Python, connaissance du logiciel Qgis.
L’étudiant(e) sera basé(e) au sein du laboratoire d’Ecologie Benthique du centre Ifremer
de Bretagne, Brest. Ce stage nécessite rigueur, concentration et motivation. L’étudiant(e)
sélectionné(e) devra être méticuleux, organisé et consciencieux.
Pour candidater, merci d'envoyer un curriculum vitae détaillé et une lettre décrivant
vos motivations, à Emilien Alvarez (emilien.alvarez(a)ifremer.fr).
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